Compilar e Instalar Gaussian 03 en Debian AMD64

De Proyecto Ciencia

Prerequisitos de Compilación

En primer lugar instalar los siguientes paquetes en el sistema Debian:

aptitude install binutils gcc gfortran libc6-dev-i386 make

Necesitas también tener el código fuente de g03 y el del compilador FORTRAN del Portland Group

Compilación e Instalación de PGI FORTRAN

Luego ubicar los archivos g03.tgz y pgi.tgz en la carpeta /opt/ y acceder a dicha carpeta:

cp /path/para/g03.tgz /opt/
cp /path/para/pgi.tgz /opt/
cd /opt/

Descomprimir los archivos:

tar zxvf g03.tgz
tar zxvf pgi.tgz

Acceder al directorio de PGI:

cd /opt/pginstall

Luego modificar el archivo bashrc de root:

vim /root/.bashrc

Y agregar las siguientes líneas:

export PGI=/opt/pgi
export LM_LICENSE_FILE=$PGI/license.dat
export PATH=$PATH:$PGI/linux86-64/7.1/bin

Guardar el archivo usando :wq y ejecutar:

source /root/.bashrc

Ejecutar el script de instalación de PGI:

./install

Usar barra espaciadora para pasar páginas de la licencia. Luego teclear: accept.Seguidamente preguntarán qué tipo de instalación escoger. Seleccionamos 1 Single system install. Instalamos ACML. Aceptamos nuevamente la licencia, y el directorio de instalación lo dejamos como /opt/pgi/ por lo que solo presionaremos enter. El software debería comenzar a instalarse y se obseva esto en el prompt:

Installing software into /opt/pgi (this may take some time).
###############################################

Instalamos MPICH1.Escogemos ssh como método remoto de ejecución. Para ello escribimos ssh en el prompt.Luego se nos pide el nombre. El nombre de usuario, por tanto es importante tener usuario en la máquina para poder proceder, luego escribimos, no, en la siguiente pregunta. Después se nos pregunta si queremos que los archivos sean solo lectura y escogemos, no, nuevamente. Hasta este punto hemos compilado PGI.

Ahora copiamos la licencia al directorio /opt/pgi/

cp license.dat ../pgi/

Compilación e instalación de Gaussian 03

El siguiente paso es compilar el Gaussian 03. Para ello renombramos el directorio g03tmp a g03:

cd /opt/
mv g03tmp/ g03

Luego cambiamos el shell de bash a csh:

csh (presionas enter)

Nota: en caso de no estar instalado, ejecuta:

aptitude install csh

Ahora accesas al directorio g03:

cd g03

Ahora ejecutamos los siguientes comandos:

setenv g03root /opt
echo $g03root
source bsd/g03.login
bsd/install
bsd/bldg03 >& make.log &

En este momento, Gaussian comienza a ser compilado. Te aconsejo ir a tomarte un café, o buscar al profesor que no te ha cargado la nota de la materia que pasaste hace 3 semestres, pero si eres lo suficientemente enfermo, o mejor usemos un término más polite, g33k, y quieres saber cómo va la compilación ;) teclea:

watch tail -20 make.log

Luego que termina la compilación, y el profesor que buscaste no quizo cargarte la materia porque estaba ocupado, lo que queda es dar la permisología adecuada al directorio donde los binarios han sido creados, claro primero tienes que ver esto:

[1]    Done                          bsd/bldg03 >& make.log

Das la permisología adecuada:

chmod -R ugo+rx /opt/g03

Por último, tenemos que programar el ambiente bash de cada uno de los usuarios que van a ejecutar el Gaussian.

vim /home/nombreusuario/.bashrc

Y pegamos estas líneas al final de dicho archivo:

export g03root=/opt
GAUSS_SCRDIR=/scr
. $g03root/g03/bsd/g03.profile

Por último le corremos source al .bashrc para que tome los nuevos valores:

source /home/nombreusuario/.bashrc

Para comprobar, teclea g03 en el prompt y debes ver esto:

muammar@COBRE:~$ g03
 Entering Gaussian System, Link 0=g03

Enjoy Gaussian 03 :D Yay!